La historia comienza en el momento en que el joven Keita Amano se encuentra con una pequeña cápsula en el bosque para después recibir un misterioso reloj. Así es como conoce a un fantasma que se hace llamar Whisper. Este le comenta al chico que el reloj que lleva en su muñeca le ayudará a ver todo tipo de criaturas sobrenaturales, tanto buenas como malas. A partir de ese instante, Keita vivirá una gran aventura. Tendrá que viajar 60 años atrás en el tiempo para conocer a su propio abuelo de joven, y entre los dos tratar de salvar a la humanidad.

Chef de gare dans le nord du Japon, Otomatsu Sato est un authentique cheminot, toujours fidèle au poste. Alors qu’il approche de la retraite et que la gare est sur le point de fermer, il est confronté à ses regrets : dix-sept ans auparavant, il n’a pas pu être présent lors du décès de sa fille, puis de sa femme. Une jeune fille survient alors, qui lui rappelle son enfant perdue…